为了确保首航的顺利进行，马尾海关等口岸部门都提前2个小时就到了通关现场做好准备工作。马尾海关关长王星说：“直航船舶上的所有货物的通关手续早已经在上个礼拜六就办理完毕，海关的通关手续仅用了不到一个小时就办结了，十分方便快捷。”

    据了解，两岸航运之前实行的是试点直航、绕经第三地和小三通三种海运模式。其中试点直航只能运送中转货，而两岸三地运输虽然可以运送两岸的货物，但却要经过香港或是日本的石垣岛中转，福建沿海与金门、马祖和澎湖间海上直航的“小三通”，则是局部小范围实现直航。

    海峡两岸关系协会副会长王在希说，两岸的直航不仅有政治上的效益，重要还有经济上的效益，他说：“两岸直航以后可以大大缩短航运的距离，运输成本可以大大的降低，光是原油的成本台湾一年可以节省30个亿。推动两岸的经贸交流合作有巨大作用，两岸的同胞都可以从中受益。”

    在两岸三地航线经营了11年的福建省运输控股公司总经理廉小强说，首航创造了历史，现在终于迎来了两岸全面、直接“三通”的春天。他认为，两岸直航正孕育着一种新的商业模式和商机形成，并表达了对今后直航的希望：“既然朝发夕至了，这是天大的好事，两边的保税的运作能不能有所突破，把两岸的市场进行高度的融合，真正取得双赢。”