世界级跨海大桥航标的设置在浙江沿海航标史上是一个新的课题，宁波航标处根据有效、经济、实用、合理的原则设计大桥航标，最终确定设置大桥航标78座，其中南、北航道水上助航灯浮18座，标识船舶可航行航道;桥区禁航灯浮20座，标识船舶禁止航标水域;桥墩警示灯桩14座，标识桥墩位置，防止船舶碰撞桥墩;海中平台警示标志1座，桥涵标22座，标识桥梁通航孔界限;雷达应答器3座，分别设置于大桥南北主通航孔位置，便于船舶在雨雾天能见度比较低的情况找到主通航孔。

　　杭州湾海域潮差大，潮流急，为防止灯浮移位或漂失，灯浮海底固定部分采用了5吨铁铸沉石，浮体采用先进的多水密隔舱和橡胶护垫深水钢质电浮标。